Родился в 1884 году в семье крестьянина в деревне Извалки Романово-Борисоглебского уезда Ярославской губернии. Не закончив двухклассного городского училища, в 1896 году из-за материальных затруднений был вынужден поступить работать учеником в кустарную медно-котельную мастерскую, а через два года на Кронштадтский пароходный завод. В 1904 году был призван на военную службу на флот и в октябре 1905 года принял участие в Кронштадтском восстании моряков.

    С весны 1917 года - член ВКП(б). Осенью 1917 года в должности командира, а затем комиссара воевал с гайдамаками и немецкими оккупантами. С июля 1918 года по декабрь 1918 года - заведующий Ярославским губернским отделом юстиции. С декабря 1918 года по декабрь 1919 года - председатель Ярославской губернской ЧК. В дальнейшем работал в органах ЧК - ОГПУ Курска, Киргизской республики, Владикавказа, был делегатом 3-й и 4-й всероссийских конференций чрезвычайных комиссий.

    М. И. Лебедев был награжден орденом Ленина, орденом Трудового Красного Знамени, знаком «10 лет ОГПУ».

    В 1929 году уволен из органов по состоянию здоровья.

Руководители органов безопасности по Ярославской области