Завершающим этапом в расследовании политических дел было направление их на рассмотрение судебных и внесудебных органов. В соответствии с действовавшим в 30-е годы уголовно-процессуальным законодательством и подзаконными актами, подобные дела направлялись в зависимости от их подсудности в областные и линейные суды, военные трибуналы, в Военную коллегию Верховного суда СССР, а также на Особое совещание при НКВД СССР.  Во второй половине 30-х годов на основании нормативных актов с санкции высшего партийно-советского руководства действовали подведомственные НКВД органы внесудебной расправы ("тройки", "особые тройки") и межведомственные внесудебные органы (так называемая "двойка" — Комиссия НКВД и прокурора СССР).

    27 мая 1935 года появился приказ руководства НКВД СССР N 00192 об организации в составе территориальных управлений "троек" по рассмотрению дел "об уголовных и деклассированных элементах и о злостных нарушителях положения о паспортах". "Тройки" могли принимать решения о ссылке, высылке из СССР и заключении в исправительно-трудовые лагеря на срок до 5 лет. Приказ предписывал: "Изъятие уголовного и деклассированного элемента проводить повседневно и основательно, но без лишней торопливости, внимательно изучая все обстоятельства каждого рассматриваемого дела".

    Через три года этот приказ заменили новым N 00319, вносившим незначительные коррективы в деятельность "троек". Права же их оставались неизменными.

    С 1 апреля 1936 по 1 октября 1938 года "тройка" Ярославского УНКВД осудила по линии милиции 12320 человек за общеуголовные преступления как "социально вредные элементы" и др.

    В состав "тройки" Ярославской области входили: начальник УНКВД А. М. Ершов, начальник УРКМ К. М. Калабухов (с апреля 1937 года — Л. Б. Грановский), прокуроры — П. И. Андреев, Ф. Л. Марчук, Д. А. Кошелев, Б. К. Юрчук, П. Д. Прокопенко и другие.

    С июля 1937 года в связи с проведением спецопераций по массовому репрессированию бывших кулаков, членов "антисоветских" политпартий и организаций, а также бандитов, уголовников-рецидивистов и других категорий граждан создается новая разновидность "троек", в состав которых вошли и партийные руководители. Это регламентировалось приказом НКВД СССР N 00447 от 30 июля 1937 года. Этот же документ утвердил и персональный состав "троек". В Ярославской области в нее вошли: А. М. Ершов, Г. А. Полумордвинов и Б. К. Юрчук. Позднее в качестве членов на "тройке" последовательно присутствовали секретари обкома партии: с октября 1937 года Н. Н. Органов, с мая 1938 года — А. И. Шахурин. В апреле 1938 года Б. К. Юрчука сменил новый областной прокурор В. Г. Чермашенцев. "Тройка" Ярославского УНКВД действовала с 5 августа 1937 по 19 мая 1938 года.

    Свидетельства очевидцев говорят о том, что заседания "тройки" проходили весьма условно, дела практически не обсуждались, согласовывались лишь сроки наказания. На одном из совещаний оперативного состава УНКВД А. М. Ершов дал указание об "упрощённом способе" ведения дел, направлявшихся на "тройку". Достаточно было лишь справки о "социальной физиономии" арестованного и двух свидетельских показаний, "изобличающих" его. Одновременно дали и другую установку: принимать на "тройку" только групповые дела. В результате этого районные аппараты стали соответственно объединять подготовленные ими дела. В них иногда входили лица, не имевшие никакой связи с осуждаемой группой.

    В упоминавшихся ранее "альбомах" и "списках", т. е. справочном материале, являвшемся основанием для ареста и рассмотрения дел внесудебным порядком, сохранились сделанные наспех пометки: "Р" (расстрелять), "I" и "II" (1-я и 2-я категории), "Арестовать", "10" (10 лет лишения свободы) и т. д. Эти пометки становились приговорами, решавшими судьбу человека. Кроме того, если в первое время "тройка" собиралась в полном составе, то в последующем дела на ней заслушивал или рассматривал один А. М. Ершов, и он же выносил заочно по ним решения. Остальные члены "тройки" как постфактум расписывались в протоколах. Это стало системой.

    В связи с тем, что сроки проведения спецопераций затянулись, 17 сентября 1938 года НКВД СССР издал приказ N 00606 об образовании "особых троек" на местах для завершения рассмотрения дел на арестованных согласно спецприказов N 00485, 00439, 00593 и др.

    Широкое распространение в период массовых политических репрессий получили и такие внесудебные органы, как "двойки", формировавшиеся в соответствии с приказами НКВД СССР N 00485 и 00593. В их состав входили наркомы внутренних дел республик, начальники УНКВД краев и областей и соответствующие прокуроры. С 20 октября 1937 по 21 июня 1938 года такой внесудебный орган (НКВД и прокурора СССР) рассмотрел 26 списков на 807 человек, представленных Ярославским УНКВД и ДТО Ярославской железной дороги. К расстрелу осудили 604 человека.

    Помимо этого в январе 1937 — октябре 1938 года Особое совещание при НКВД СССР приговорило 512 жителей Ярославской области к различным срокам лишения свободы.

    Внесудебные органы являлись неотъемлемой частью механизма проведения массовых репрессий второй половины 30-х годов. Однако они не были единственными структурами, призванными вершить политическую расправу. Наряду с ними функционировали и судебные инстанции. Особенно показательна в этом плане деятельность Военной коллегии Верховного суда СССР.  Созданная в 1924 году, она должна была вершить суд над лицами высшего комначполитсостава армии и флота. Длительное время коллегия непосредственно руководила военными трибуналами и выступала в качестве кассационной инстанции. Объем ее полномочий резко возрос с лета 1934 года. Военной коллегии и руководимым ею военным трибуналам было поручено судебное рассмотрение дел по обвинению в особо опасных преступлениях (измена Родине, террор, шпионаж, диверсии). Как видно из приведенных ниже фактов, эта коллегия в полной мере соответствовала планам карательной политики государства и одновременно являлась иллюзией советского правосудия.

    10 сентября 1937 года в Москве Военная коллегия ВС СССР в составе председателя — армвоенюриста В. В. Ульриха и членов коллегии: бригвоенюриста Стельмаховича и военюриста 1 ранга Д. Я.Кандыбина рассмотрела дело бывшего секретаря Ярославского обкома ВКП(б) А. Р. Вайнова. Судебное заседание было закрытым, дело слушалось без участия обвинения и защиты и вызова свидетелей. Заседание, открытое в 9 часов 40 минут, закончилось в 9 часов 45 минут оглашением приговора. А. Р. Вайнова признали виновным в "совершенных преступлениях" и приговорили к расстрелу. Приговор привели в исполнение в тот же день.

     14—15 сентября 1937 года в Москве состоялся еще ряд закрытых заседаний Военной коллегии, длившихся не более 10—15 минут. Военные судьи пачками "рассматривали" дела в отношении ярославских "контрреволюционеров" и штамповали на заранее подготовленных бланках протоколов приговоры исключительно к высшей мере наказания — расстрелу. Осенью 1937 года Военной коллегией ВС СССР были осуждены и другие бывшие руководители Ярославской области, репрессированные в июне-июле этого же года. Среди них — секретарь обкома ВКП(б) И. А. Нефедов, секретари Ярославского горкома ВКП(б) Ф. И. Иванов, В. М. Шеханов и М. И. Шальнов, работники облисполкома М. Ф. Буланов, А. И. Прокофьев и А. Ф. Сергушев, директор Ярославского горторга Д. И. Дзенциол и другие.

    О том, насколько безразличным к судьбам людей было рассмотрение дел, свидетельствует уникальный документ — протокол закрытого судебного заседания Военной коллегии от 15 сентября 1937 года в отношении М. И. Шальнова. На заготовленном заранее бланке протокола слова и выражения были отпечатаны в женском роде ("подсудимая в суд доставлена" или "председательствующий удостоверяется в самоличности подсудимой и спрашивает ее" и т. п.). В документ впечатали лишь фамилию, имя и отчество. В таком виде протокол утвердили и приобщили к делу.

    В связи с большим количеством групповых дел в территориальных органах УНКВД широкое распространение получила практика приезда в регион выездных сессий Военной коллегии Верховного суда СССР.  Они рассматривали дела "списочно". Списки лиц, в которых люди были уже распределены по 1-й и 2-й категориям, предварительно согласовывались на уровне руководства НКВД СССР и Военной коллегии. После их утверждения в центре списки возвращались в региональные управления. Фактически судьба человека решалась до суда.

    На протяжении 1937—1938 годов в Ярославле в здании Управления НКВД было проведено девять заседаний выездных сессий Военной коллегии по рассмотрению дел, представленных УНКВД и ДТО Ярославской железной дороги. В том числе: