Центральный аппарат ВЧК, местные органы власти и губернская ЧК приняли энергичные и решительные меры по ликвидации крестьянско-дезертирского движения. 27 июня 1919 года председатель ВЧК Ф. Э. Дзержинский и председатель Центральной комиссии по борьбе с дезертирством для организованного разгрома банд приказали сформировать в каждом губернском центре оперативные тройки по борьбе с дезертирством в составе представителей губкома партии и губернской ЧК. Тройкам вменялось в обязанность:

    1. Объединить все вооруженные силы на территории губернии, предварительно снестись с губвоенкомом.

    2. Организовать разведку для установления пунктов расположения банд, их штабов и местонахождения руководителей.

    3. Организованным наступательным нажимом разгромить банды дезертиров, преследуя главную цель — захват и уничтожение банд и их штабов.

    4. Расстреливать оказывающих вооруженное сопротивление. О результатах широко оповещать население и призывать дезертиров являться добровольно во избежание суровой кары.

    12 июля 1919 года на заседании губернской ЧК было решено назначить в состав оперативной тройки по борьбе с дезертирством председателя губчека М. И. Лебедева. Кроме него в состав тройки (в Ярославской губернии она именовалась ревкомом) входили: председатель губисполкома В. Волгин и военный комиссар К. Сидоров.

     На заседании губкома партии от 31 мая 1919 года было принято постановление об организации при Ярославском и Рыбинском военкоматах особых отделов, а в остальных уездах — коммунистических дружин для борьбы с дезертирством и другими контрреволюционными проявлениями против Советской власти.

    3 июля 1919 года президиум губкома партии в связи с усилившимися бесчинствами банд в своем решении записал:

    1. Все коммунисты Ярославской губернии объявляются мобилизованными.

    2. Все созданные в уездах боевые дружины переводятся на казарменное положение.

    3. В Ярославской губернии создается революционный военный совет.

    4. В уездах создаются реввоенсоветы по типу губернского.

    Таким образом, всю работу по борьбе с бандами направлял и фактически возглавлял через военно-революционные советы губернский комитет партии. Боевые отряды губернской ЧК и Красной Армии занимались непосредственно ликвидацией банд и крестьянских волнений. К осени 1919 года с ними в губернии было практически покончено. Отдельные немногочисленные банды дезертиров и уголовников существовали до середины 20-х годов, но они уже не могли оказать серьезного влияния на обстановку в регионе.