Царствование Петра Великого сопровождалось переменами, приведшими к превращению России в могущественную мировую державу. Среди многих преобразований Петр начал концентрацию и специализацию дела защиты государственной безопасности. Вначале он передал важные дела в руки своих преданных сподвижников. Т. Н. Стрешнев возглавлял Сыскной, Разрядный, Судный, Дворцовый и другие приказы, Ф. Ю. Ромодановский надзирал за заточением царевны Софьи. В розыскной комиссии по стрелецкому бунту он превосходил всех свирепостью, лично сек головы и вешал пытаемого за ребра. Даже царь упрекал его в жестокости («зверь, долго ли тебе людей жечь!») и в пьянстве. Но Федор Юрьевич с гордостью отвечал царю, что пить некогда, ибо «всегда в кровях омываемся». Именно ему поручаются дела по охране государства (для особого отличия его провозглашают генералиссимусом и князем кесарем). Ромодановский возглавлял известный с 1697 года Преображенский приказ. В селе Преображенском рассматривались все дела государственной важности. Сюда свозили со всей страны арестованных. С 1702 года Преображенский приказ стал центром политического сыска. На местах же воеводы должны были «хранить и промышлять государевы интересы, беречь накрепко». 

    Время Петра Великого характеризовалось громадным скачком в общественном развитии России. Многое было сделано для перевооружения армии, созданы флот, передовая промышленность и т. д. Преобразования проводились за счет внутренних ресурсов. В результате постоянных войн тяготы населения умножились. Это породило сопротивление. В разных концах государства начались разбои, вспыхивали восстания. Борьбу с ними возглавили центральные ведомства. В 1707 году бояре в Москве, слушая сообщение из Приказа и отписки с мест, послали в Ярославль, Углич, Пошехонье и другие города и уезды «для розыска и поимки разбойников и смертных убийц и зажигателей» нарочного из московского Судного приказа стольника князя Василия Мещерского. Как говорится в документе, «в этих уездах воровские люди ходят, собравшись многолюдством, много сел и деревень пожгли, много домов разорили».

     Разбои и волнения крепостных масс, политические интриги и противодействия реформам стали причиной нововведений в области безопасности государства. Петр I понял необходимость создания особого органа для этой цели. Преображенский приказ оказался малоэффективным. В 1718 году в Петербурге был создан орган политического сыска — Тайная канцелярия. В начале предполагалось, что она нужна лишь на время расследования дела царевича Алексея, выступившего заодно с противниками Петра.

    После окончания расследования, суда и казней император объявил о прекращении деятельности канцелярии. Но сам продолжал загружать ее работой. Тайная канцелярия прочно вошла в жизнь империи. Возглавлял ее талантливый петровский дипломат и разведчик, действительный тайный советник Петр Андреевич Толстой. В начале царствования Петра он скомпрометировал себя как сторонник царевны Софьи, но вскоре Толстой оказал царю важные услуги за границей. Возвратив царевича из Италии, он приобрел доверие императора. Стал графом и кавалером ордена Андрея Первозванного.

    Основными методами расследования Тайной канцелярии были пытки и рассмотрение доносов. Но кроме них появились и новшества, в том числе — перлюстрации. 17 июня 1718 года специальным указом царя «приказано вскрывать в почтовом ведомстве те письма, которые приходят на имя чужестранных министров». Как оказалось, в этих конвертах были подозрительные письма к подданным его величества, к знатным особам. Ряд этих лиц были арестованы и сурово наказаны.

    Петр I инициировал большинство розыскных дел и регулярно участвовал в допросах подозреваемых в измене. Тайная канцелярия стала важнейшей частью осуществления его воли. Это учреждение активно преследовало противников государя.

     Ярославль продолжал оставаться местом государственной ссылки. В Спасском монастыре некоторое время находился дед Петра с материнской стороны боярин К. П. Нарышкин, постриженный в монахи по требованию восставших стрельцов в 1682 году. После подавления второго выступления стрельцов в 1698 году из Москвы в Ярославль сослали несколько семей стрельцов. Их поселили за городским валом на Стрелецкой улице (ныне — Ушинского).